本所發展主要目標為建立全臺灣最具特色性的獸醫微生物及人畜共通傳染病研究單位，發展其他多元化研究領域。設立目標包括：

1. 應用生物技術於動物疫苗之研發

利用分子生物、組織培養等技術於動物疫苗及佐劑之研發，藉以開發高效能及具有國際競爭力之動物疫苗，並發展台灣成為亞洲重要之動物疫苗研發中心。

2. 人畜共同傳染病流行病學及資訊監控系統之建立

利用流行病學調查與分析，進行人畜共通傳染病的流行特徵、危險因子與分子演化探討，進　而將結果貢獻於預防醫學保障國人健康。

3. 人畜共同傳染病病原快速診斷技術之開發

對利用生物技術改良或研發傳染病診斷技術和檢驗試劑，以能改善診斷檢驗之準確性與診斷檢驗時間之縮短。使流行病之爆發於短時間內即可精密診斷結果而立即採取防範措施，降低人畜共通傳染病的流行。

4. 病媒人畜共同傳染病研究發展之推展

藉由病媒調查與病媒生物學之研究，進行病媒性人畜共通傳染病的相關研究。

5. 藥物毒物分子檢驗技術之提升與標準技術之建立

藥物殘留對人畜安全造成永續性傷害，並有引發人畜共通病原抗藥性的風險。由於科技之發展進步神速，利用高解析技術可將微量分子得以快速檢驗分析保障人類安全與社會各項畜產食品之品質。